
Poskytovatelia zdravotnej starostlivosti majú často ťažkosti s diagnostikou lymskej choroby, pretože mnohé z jej príznakov sú podobné ako iné infekčné alebo autoimunitné ochorenia, ako je chrípka, artritída alebo
lupus. Niekoľko testov je teraz k dispozícii na diagnostiku boreliózy. Najpopulárnejším spôsobom diagnostiky je kombinácia testov Western blot a ELISA, ktoré merajú špecifické protilátky v krvi. Niektorí odborníci sa však domnievajú, že toto testovanie má chyby a nie je vždy presvedčivé. Ďalším testom, ktorý môže byť účinný pri diagnostike boreliózy, je priama mikroskopia, ktorú vykonáva menej laboratórií. Často ju vykonávajú holistickí lekári v kombinácii s ďalšími fyzickými vyšetreniami. Akonáhle je borelióza diagnostikovaná, najbežnejšou konvenčnou liečbou, ktorá sa dnes používa, sú antibiotiká na predpis. Väčšina ľudí môže prekonať boreliózu po niekoľkých týždňoch liečby antibiotikami. Najčastejšou antibiotickou liečbou pretúto infekciu je kombinácia amoxicilínu, cefuroxím axetilu alebo doxycyklínových antibiotík užívaných počas 2-4 týždňov. Avšak nie všetci budú dobre reagovať na tieto antibiotiká vrátane tých, ktoré majú infekcie, ktoré sa šíria cez centrálny nervový systém.
Národný inštitút pre alergiu a infekčné ochorenia hlási, že čím skôr začne liečba po infekcii, tým rýchlejšie a úplnejšie bude zotavenie - tak ľudia, ktorí počkajú chvíľu pred diagnostikovaním, nemusia reagovať pozitívne na antibiotiká. Antibiotiká liečia malú časť boreliózy, ale nie celý stav a sériu príznakov. Okrem toho antibiotiká môžu spôsobovať vedľajšie účinky a nie vždy sa môžu použiť u tehotných žien alebo u osôb, ktoré sú alergické / reaktívne.
Antibiotiká môžu oslabiť imunitný systém v priebehu času tým, že negatívne menia črevné baktérie, najmä ak sa používajú dlhšiu dobu. Zabíjajú nielen škodlivé baktérie, ale aj dobré baktérie, ktoré potrebujeme aj pre silnú imunitu. To znamená, že antibiotiká môžu spôsobiť, že sa baktérie boreliózy rozšíria ešte viac a zhoršia sa u niektorých ľudí. V dnešnej dobe však už existujú aj iné liečby.
Alternatívna liečba boreliózy je rozvinutá nielen v zahraničí ale aj u nás a čoraz viacej sa dostáva do povedomia ľudí.